Στην παρούσα εργασία παρουσιάζεται τμήμα μιας μεγαλύτερης έρευνας που ασχολείται με τη διδακτική επεξεργασία των εννοιολογικών εμποδίων φοιτητών, τα οποία συνδέονται με την Κβαντική Θεώρηση του Ατόμου (ΚΘΑ), όπως αυτά διαπιστώνονται από τη βιβλιογραφική έρευνα και πιλοτική εμπειρική μελέτη. Περιγράφεται η ανάπτυξη του εκπαιδευτικού λογισμικού το ‘Κβαντικό Άτομο’ με τα χαρακτηριστικά και τις δυνατότητες των Εκπαιδευτικών Εικονικών Περιβαλλόντων (ΕΕΠ), το οποίο χρησιμοποιήθηκε για τη διδακτική επεξεργασία των πέντε ‘εμποδίων – στόχων’. Στο τέλος συζητούνται τα μαθησιακά αποτελέσματα μετά την αλληλεπίδραση των φοιτητών Παιδαγωγικού Τμήματος με αυτό και η συμβολή του Εκπαιδευτικού Εικονικού Περιβάλλοντος (ΕΕΠ) στην αναπαράσταση του κβαντικού μικρόκοσμου.