Στην εργασία αυτή παρουσιάζονται δύο εκπαιδευτικά λογισμικά μοριακής μοντελοποίησης που απευθύνονται στην Τριτοβάθμια Εκπαίσευση. Το πρώτο, 3DMolSym, έχει ως στόχο την εξοικείωση των διδασκομένων με τα στοιχεία συμμετρίας. Το αποτέλεσμα της εφαρμογής κάθε στοιχείου συμμετρίας σε ένα μοριακό μοντέλο γίνεται με τέτοιο τρόπο ώστε ο διδασκόμενος να διαπιστώνει τη μετατόπιση κάθε ατόμου ή δεσμού. Το πρόγραμμα διαπραγματεύεται το σύνολο των στοιχείων συμμετρίας μιας μεγάλη σειράς μορίων, τα οποία έχουν επιλεγεί με βάση τη διδακτική σκοπιμότητα τους. Το δεύτερο, 3DNormalModes διαπραγματεύεται τους κανονικούς τρόπους δόνησης των μορίων. Για μια σειρά ανόργανων και οργανικών μορίων δίδεται η πειραματική συχνότητα δόνησης για κάθε κανονικό τρόπο δόνησης, ο χαρακτηρισμός του, και η συμμετρία του, καθώς και η πραγματική δόνηση του μορίου. Και στα δύο προγράμματα ο διδασκόμενος – χρήστης καθορίζει άμεσα τη θέση και τον προσανατολισμό του μορίου στο τρισδιάστασο χώρο, την ταχύτητα της μετατόπισης των ατόμων και δεσμών, καθώς και άλλες παραμέτρους.